1997年原广西农业大学与原广西大学合并组建为新的广西大学，是一本院校。广西农业大学已成为广西大学下属三个学院之一，成为广西大学农学院。
农学院由马君武博士在梧州成立，全称广西大学农学部、1952年成立广西农学院，因日本侵华躲避战乱曾迁至柳州沙塘鹧鸪江、桂林雁山办学，解放后1956年迁南宁现址。在1992年以前全称广西农学院，1992到1998年改广西农业大学，1998年与原广西大学合并为广西大学，同时成立二级学院农学院，保留原校级农学院的农学、园艺、植保、土壤化学，后改为农业资源与环境专业，在1998年之前农学院为校级，1998年以后沿袭农学院为校级二级学院，现有农学系、园艺系、植保、农业资源与环境科学系、植物科学系以及实验教学中心等6个学院二级机构单位。